在明朝建文帝巡视海上时，太子建文目睹了自己亦师亦友的郑提督突然谋杀皇帝的场面。由于朝廷的诬陷，太子被指控为弑父篡位的罪名，慌乱中他驾驶着青龙灵船返回泉州，打算向叔叔燕王求援。接到监国燕王的命令后，郑提督回到泉州追捕建文。建文太子识破真相后，从泉州出发展开了逃亡之旅，期间结识了东瀛忍者七里、蒙古水师统领腾格斯和博物学家哈罗德。四人在冒险中结下了深厚的友谊，一起寻找南海蓬莱岛上最大的海盗破军基地，查明郑提督谋杀皇帝的真相。与此同时，朝堂内外各方势力都在暗中布局，郑提督该如何在这种局势下保护建文，继续揭开皇帝被附身的真相呢？
