这一季的故事延续了上一季的情节。忍者们离开了神秘岛，但是妮雅的水系元素突然失去了控制。在寻找原因时，他们收到了来自海底的一个能量波，于是冒险闯入了深达五千英尺的无尽大海神殿。在那里，他们遇到了许多海怪（莫罗匹恩人），由章鱼怪特里玛领导着。然而，特里玛的儿子卡尔玛却心怀恶意，他想用两个护身符（风暴护身符和海浪护身符）来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”，制造混乱。为了达成计划，卡尔玛杀死了自己的父亲，并嫁祸给忍者们。随后，他得到两个护身符，唤醒了沃杰拉，导致忍者城被大水淹没，居民们处境危险。幸运的是，本多玛打碎了卡尔玛的权杖，让他失去了对沃杰拉的控制，最终被沃杰拉吞食。为了战胜沃杰拉，妮雅不顾自己的安危，与海洋融为了一体，并最终成功击败了沃杰拉。妮雅还带着海水离开了忍者城，留在了海水中。
