虽然因为他神秘的预告信件和狂妄的台词，以及华丽的手法（舞台表演）而闻名于世的怪盗，但实际上他是一个使用暗号和巧妙手段偷取名贵宝物的盗贼——怪盗基德。
这位大怪盗的身份其实是江古田中学二年级的黑羽快斗。有一天，他发现了家中的一个秘密房间，从而得知自己的父亲黑羽盗一其实是世界知名的魔术师，也就是大家熟知的“怪盗基德”，而他却被一个神秘组织杀害。为了揭开真相，快斗开始穿上父亲遗留下来的服装，成为第二代“怪盗基德”，并开始追查父亲追寻的“传说中的大宝石”和神秘组织的真正身份…
基德运用巧妙手法偷取了无数珍贵的物品，这次他的目标是传说中的海洋宝石“大海的奇迹（蓝色奇迹）”。因为園子的亲戚、铃木财阀的高级顾问铃木次郎吉想通过这个宝石来挑战基德，所以他不惜动用了“大宝石”来发起挑战。次郎吉的目的是要抓住基德，为此他雇佣了私家侦探并派遣了一些手下来抓捕基德。基德对这个挑战信充满兴趣，但他并不会就这样被抓住。他一边高调宣扬自己的行动，一边开始了追查背后的真相。
随着故事的展开，基德不断面临挑战，但每次都能化险为夷。同时，他也逐渐解开了父亲死亡的谜团，并发现了神秘组织的真正目的。最后，基德和次郎吉展开了最后的决战，揭开了所有谜团，结束了这场盗宝之旅。
